После Цюриха Реформация началась в Базеле, а затем в Берне, Санкт-Галлене, Граубюндене, Валлисе и других кантонах. Католические кантоны, во главе с Люцерном, прилагали все силы, чтобы воспрепятствовать дальнейшему распространению движения, в результате чего вспыхнула религиозная война, закончившаяся т.н. Первым Каппельским мирным соглашением (1529), которое гарантировало каждому кантону свободу религии. Однако во Второй Каппельской войне протестантская армия была разгромлена в битве при Каппеле (1531), в которой пал сам Цвингли. Заключенный после этого Второй Каппельский мир восстановил католичество в кантонах со смешанным населением.

Теология Цвингли, хотя он и разделял основоположный лютеровский принцип оправдания только верой, отличалась во многих пунктах от теологии Лютера, и оба реформатора так и не смогли прийти к согласию. По этой причине, а также ввиду несходства политических ситуаций Реформация в Швейцарии и Германии пошла разными путями.